Am Institut für Immunologie wurde bereits im Jahr 1999 eine der ersten Affymetrix Mikroarray Plattformen in Deutschland etabliert. Die heute Applied Biosystems Mikroarray Plattform (cartridge genannt ) befindet sich auf dem aktuellen technologischen Stand.

Wir führen RNA Profiling Projekte mit allen gängigen Protokollen und erhältlichen Arrays durch [ 6, 3 ] . Mit den Clariom D Arrays ist es mit mehr als 6,5 Millionen Sonden möglich, einen tiefen Blick in das Transkriptom zu werfen. Das betrifft nicht nur die proteinkodierenden Transkripte sondern auch die Welt der regulatorisch bedeutsamen, nicht kodierenden lnc (linc) RNA`s. Das Konzept der „Splice junction probesets“ lässt es zu, die Regulationsebene des differentiellen Spleißens [ 9, 10 ]  in großer Tiefe zu analysieren. Unterstützt wird dies durch die lizenzfrei verfügbare Software „Transcriptome Analysis Console“, die als intuitive GUI über den weltweit meist verwendeten Normalisierungsalgorithmen (RMA, ANOVA, eBayes, LIMMA) von „Bioconductor“ in der Statistikumgebung „R“ arbeitet. Die Vernetzung mit den wichtigsten Datenbanken sowie mit „Wikipathways“ über eine Enrichment Analysefunktion [ 8 ]  ermöglicht Ihnen, nach einer Anleitung durch den Leiter der Core Facility, das Data Mining und die attraktive Visualisierung [ 7 ]  ihres Kandidaten Gensets durchzuführen. Das Konzept der kleinen Clariom S Arrays (ein ca. 700.000 Sonden Subset von Clariom D) gewährleistet ein kostensparendes zweistufiges Design Ihres Microarray Projektes.