Das nanoACQUITY UPLC / SYNAPT G2-S HDMS System (Waters) wird für die Identifizierung und markierungsfreie Quantifizierung komplexer Proteingemische verwendet. Dabei werden die Peptide eines proteolytischen Verdaus mittels Umkehrphasenchromatographie aufgetrennt und online über die nano-ESI-Quelle der massenspektrometrischen Analyse zugeführt. Mit dem Synapt G2-S Massenspektrometer sind Messungen im datenunabhängigen (HDMSE) oder datenabhängigen (DDA) Modus möglich. Beispielsweise ermöglicht HDMSE die markierungsfreie Quantifizierung von etwa 2000 Proteinen aus dem tryptischen Verdau einer humanen Zelllinie.